Em 1998, quando era ministro da Saúde, José Serra foi acusado de atender a grupos pró-aborto por normatizar a realização do aborto nos casos previstos em lei (risco de vida para a grávida ou gravidez após estupro).

Mesmo permitido desde 1940, poucos serviços públicos faziam o aborto. A normatização deu respaldo político e técnico para que mais hospitais o realizassem.

O então deputado federal Severino Cavalcanti (PP-PE) apresentou um projeto de decreto legislativo para sustar a normatização. Para ele, Serra via “o ato de ceifar uma vida inocente” como “o esvaziamento da cavidade uterina”. Ele ganhou apoio de entidades contrárias ao aborto, mas o projeto foi derrubado.

Em 2001, o Ministério da Saúde começou a distribuir com Estados e municípios a pílula do dia seguinte. Serra ocupava a pasta. Entidades católicas foram a público dizer que a pílula é abortiva.

Inicialmente, a disponibilização estava concentrada em serviços de atendimento a vítimas de violência sexual.

Em 2005, já no governo Lula, o ministério ampliou a distribuição a postos de saúde, para atender também a outras mulheres que tiveram relação sexual desprotegida.